近期,在《Genetics in Medicine》雜志上發(fā)表了題為“Unsuspected somatic mosaicism for FBN1 gene contributes to Marfan syndrome”的文章,該研究團(tuán)隊(duì)對5000多名疑似馬凡綜合征(MFS)的患者進(jìn)行了分子檢測,發(fā)現(xiàn)1961名患者至少攜帶1種FBN1雜合致病性變異。其中5例有癥狀的MFS患者,攜帶5種不同的FBN1嵌合致病性變異。這5例散發(fā)性嵌合患者均表現(xiàn)出典型的MFS特征。結(jié)合文獻(xiàn),這些罕見的發(fā)現(xiàn)涉及單核苷酸變異和拷貝數(shù)變異。
背景介紹
馬凡綜合征(MIM 154700,MFS)是一種遺傳性結(jié)締組織疾病,發(fā)病率約為1/5000。在這種疾病中,許多系統(tǒng)都會受到表型變化和致命并發(fā)癥的影響,如心血管(胸主動脈瘤和夾層);眼睛(晶狀體異位);骨骼(具有可識別的特征,如脊柱側(cè)凸、蜘蛛指(趾)、漏斗胸、雞胸等)。在大多數(shù)MFS患者中發(fā)現(xiàn)FBN1(編碼原纖維蛋白1)基因的雜合致病變異。
由于合子后的新發(fā)變異,從單個受精卵發(fā)育而來的個體具有兩個或更多不同基因型的細(xì)胞群,這種個體稱為嵌合體。變異可以發(fā)生在體細(xì)胞中并且只包含在少數(shù)組織中(體細(xì)胞嵌合),它可以發(fā)生在生殖細(xì)胞中(生殖細(xì)胞/性腺嵌合),或者它可以發(fā)生在產(chǎn)生體細(xì)胞和生殖細(xì)胞混合嵌合的早期前體細(xì)胞中(生殖細(xì)胞和體細(xì)胞均發(fā)生嵌合)。
研究對象
臨床診斷以修訂的Ghent病理學(xué)為基礎(chǔ)。1996年至2020年間,對全國范圍內(nèi)5000多名未經(jīng)篩選的疑似MFS患者進(jìn)行分子診斷。
研究方法
通過Sanger測序或下一代測序(NGS)捕獲panel(28個基因)檢測,且同批實(shí)驗(yàn)的24名患者數(shù)據(jù)進(jìn)行拷貝數(shù)變異(CNV)分析。
研究結(jié)果
對5000多名疑似MFS患者進(jìn)行了分子檢測,發(fā)現(xiàn)1961名患者至少攜帶1種FBN1雜合致病性變異。其中65%的患者有家族史,而其余散發(fā)的病例中,有258例患者被證實(shí)是新發(fā)病例,占所有患者的13%(如圖1)。此外,有23例患者發(fā)現(xiàn)了親本嵌合體,特別地,MFS中報道的第一個病例是體細(xì)胞和生殖細(xì)胞嵌合體。在臨床層面,23例患者均無癥狀。在文獻(xiàn)中,只有2例有癥狀的MFS患者攜帶FBN1嵌合致病性變異。
圖1. 在實(shí)驗(yàn)室檢測到FBN1致病性變異的所有馬凡綜合征(MFS)患者中,散發(fā)性和家族性病例的分布
然而,其中5例有癥狀的MFS患者,攜帶5種不同的FBN1嵌合致病性變異。在這5例病例中,整個FBN1基因的覆蓋深度最小為90 reads(平均深度:患者1至5分別為422、453、478、235和927)。在4例病例中(患者1至4)鑒定出4種不同的單核苷酸變異,等位基因分?jǐn)?shù)異常低(分別為26%、18%、20%和24%)。利用靶向Sanger測序和PCR以及適當(dāng)?shù)拿盖凶C實(shí)了這些嵌合變異的存在(如圖2)。
圖2. 患者1和2的嵌合致病性變異確認(rèn)的結(jié)果
注:外顯子24(患者1,a)和外顯子25(患者2,d)的靶向Sanger測序?;颊?和4獲得了相似的測序圖譜。使用MspI酶(患者1,b,c)或TaaI酶(患者2,e,f)的酶切圖譜和酶切結(jié)果。
在患者1中發(fā)現(xiàn)的變異(c.3037G>A–p[Gly1013Arg])影響一個高度保守的甘氨酸,在轉(zhuǎn)化生長因子-β結(jié)合蛋白域3中是一致的,并且已經(jīng)在UMD-FBN1數(shù)據(jù)庫中的10個先證者中報道這個變異。患者2在內(nèi)含子25中檢測到一個內(nèi)含子變異(c.3208+2T>A)。這種變異影響內(nèi)含子25的一致供體剪接位點(diǎn),預(yù)計會導(dǎo)致內(nèi)含子的異常剪接,對蛋白水平產(chǎn)生重大影響。在患者3和4中發(fā)現(xiàn)的兩種嵌合變異分別影響鈣結(jié)合表皮生長因子域12和19中的半胱氨酸。已知這兩種致病性變異(已經(jīng)在UMD-FBN1數(shù)據(jù)庫中報道過)影響固有二硫鍵的形成且破壞結(jié)構(gòu)域的構(gòu)象。在CNV分析過程中,患者5 CNV比率為中間值(范圍為0.73到0.78),因此懷疑其存在FBN1基因外顯子45到49的嵌合缺失(如圖3)。定量PCR證實(shí),與對照組相比,外顯子45、47和49的相對數(shù)量為75-80%。通過長片段PCR檢測缺失斷點(diǎn),發(fā)現(xiàn)一個9128bp的缺失(c.5546-750_6163 + 1205del)。這5個外顯子的缺失預(yù)計將導(dǎo)致206個氨基酸的框內(nèi)缺失,但不能通過轉(zhuǎn)錄分析證實(shí)。
在臨床方面,這5例具有嵌合致病性變異的患者均為散發(fā)性病例。他們都沒有孩子,而且在有父母樣本的情況下,他們未受累的父母也未攜帶致病性變異。5例中有4例是在嬰兒期確診的,且表現(xiàn)出通常在雜合子患者中發(fā)現(xiàn)的典型MFS特征,伴有升主動脈擴(kuò)張和/或晶狀體異位,且系統(tǒng)評分為6-9分。另1例(患者4)在48歲時接受A型主動脈夾層急診手術(shù)后確診,臨床檢查不完整。
圖3. 患者5中FBN1嵌合外顯子缺失的特征
注:(a)使用下一代測序(NGS)捕獲panel(28個基因)檢測拷貝數(shù)變異(CNV)的散點(diǎn)圖。(b)來自NGS的FBN1基因第42至52號外顯子的CNV比率數(shù)據(jù)。(c)外顯子49的相對定量(從左到右的樣本:患者母親、患者血樣1、患者血樣2、雜合缺失對照、陰性對照1、2和3)。外顯子45和47也獲得了類似的圖譜。(d)先證者FBN1基因缺失斷點(diǎn)的示意圖。
結(jié)論
在MFS患者的分子診斷中不應(yīng)忽視嵌合致病性變異,并保證生物信息學(xué)分析中使用參數(shù)的適應(yīng)性。目前5例有癥狀的MFS患者攜帶FBN1嵌合致病性變異,這進(jìn)一步證實(shí)了一個事實(shí),即明顯無癥狀的嵌合父母應(yīng)進(jìn)行完整的臨床檢查和定期的心血管隨訪。建議對于沒有發(fā)現(xiàn)單核苷酸致病性變異或外顯子缺失/重復(fù)的典型MFS患者,應(yīng)由NGS捕獲panel檢測,并進(jìn)行適當(dāng)?shù)淖兞空{(diào)用分析。
參考文獻(xiàn):Arnaud P, Morel H, Milleron O, et al. Unsuspected somatic mosaicism for FBN1 gene contributes to Marfan syndrome. Genet Med. 2021 Jan 25.
關(guān)于主動脈病及相關(guān)檢測的更多介紹,詳見:
《兇險的主動脈疾病,早發(fā)現(xiàn)、早治療是關(guān)鍵》
《亞洲心血管與胸腔年鑒最新綜述:胸主動脈瘤遺傳學(xué)詞典》
《Cell:常見的復(fù)雜冠狀動脈疾病的遺傳學(xué)研究》
《Circulation Research主動脈病專欄:主動脈瘤形成的細(xì)胞學(xué)機(jī)制》
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